Ayçiçeği, günümüzde yağ bitkisi olarak yetiştirilen önemli bir tarım ürünüdür. Özellikle Trakya bölgesinde halkın önemli bir geçim kaynağıdır. Ayçiçeği yetiştiriciliğinden elde edilen sıvı yağ, bitkisel yağlar arasında kalite olarak ilk sıralarda yer alır. Bu yüzden tarımına ayrı bir önem verilir. Ancak ayçiçeği yetiştiriciliğinde dikkatli olunması gerekir. Ayçiçeği hastalıkları alınan verimi düşürebileceği gibi, yağın kalitesini de olumsuz etkileyebilir.

Ayçiçeği mildiyösü, ayçiçeği tarımında görülen en önemli mantar hastalıkları arasında yer alır. Bu hastalık bitkinin normal gelişimini engeller. Boy uzaması olmadığı için bitki bodur kalır. Ayrıca yapraklarda sararma ve alt kısımlarında beyaz toz zerrecikleri meydana gelir. Hastalığın bulaşması toprakta bulunan bitki atıklarından ve tohumlardan çok kolay olur. Taban suyu yüksek olan bulaşık tarlalarda bu hastalık yüzünden yeniden ekim yapılması gerekebilir. Bu hastalıktan korunmak için ekimde dayanıklı türler tercih edilmelidir. Hassas türlerde tohumlar ekimden önce metalaxyl etken madde içeren ilaçla mutlaka ilaçlanmalıdır. Bitki artıklarının da tarladan uzak tutulması ve ekim nöbeti yapılması faydalı olur.

Solgunluk hastalığı, kök boğazı çürüklüğü olarak da bilinir. Bitkide sap ve öz dokuda kurumaya neden olur. Bitkinin çiçeklenme zamanında solgunluk hastalığı ortaya çıkar. Bitkinin üst yapraklarında aniden solma ve sararma görülür, damar içlerinde siyah lekeler oluşmaya başlar. Solgunluk hastalığıyla mücadelede sağlıklı bitkilerle ekim nöbeti yapılması gerekir. Dayanıklı olan türler ekilmeli ve hasta olan bitkilerin kökleri uzaklaştırılarak yakılmalıdır.

Ayçiçeği pası, çoğunlukla geç ekim yapıldığında ve çiçeklenmenin ardından ortaya çıkar. İlk aşamada pas püskülleri yaprağın altını etkiler. Ardından yaprağın bütün yüzeyini kaplar. Hastalığın mücadelesinde dayanıklı bitki türleri ekilmelidir. Ayrıca erken ekim yapılarak, ekim nöbeti uygulanmalıdır.

Ayçiçeği yaprak lekelerinin etkenleri oldukça fazladır. Lekelerin bir kısmı erken gelişme döneminde, bir kısmı da gelişme döneminin ilerleyen safhalarında ortaya çıkabilir. Hastalıkla mücadelede en önemli unsur dayanıklı çeşitlerin ekiminin yapılmasıdır.

Gövde ve tabla çürüklüğü hastalığı, ülkemizdeki en yaygın ayçiçeği hastalıkları arasında yer alır. Enfeksiyon, çiçeklenmenin ardından yağan fazla yağışlardan sonra, toprakta bulunan skleroitlerin çimlenmesiyle oluşan sporların havayla taşınması sonucunda meydana gelir. Hastalık etmeninin tarlaya yerleşmesiyle, kısa sürede tablada çürüme başlar. İlk belirtilerde yapraklarda hafif sararma, ardından hızla solma ve kuruma görülür. Bu hastalıkla mücadele edilmesi için, tohumların temiz olması, dayanıklı türlerin ekimi, ekim nöbeti tutulması ve taban arazide fazla sulamadan kaçınılması gerekir.

Orobanş, ayçiçeğinin köklerini etkileyen ve kökleri saran bir ottur. Aynı zamanda "veren otu" olarak da bilinir. Otun boyu yaklaşık 20-60 cm'ye kadar uzayabilir. Çiçekleri mor, mavi ve beyaz olabilir. Oldukça küçük olan tohumları kahverengi bir kapsülün içinde bulunur. Sadece bir orobanş kapsülünün içinde milyonlarca tohum bulunur ve bu tohumlar toprakta 10-15 yıl kadar canlı kalabilir. Ayçiçeği ekimi yapıldıktan 4-5 hafta içinde köklerde görülmeye başlar ve bitkinin çiçeklenmesinden önce toprağın yüzeyine çıkar. Bitkide çiçeklenme olduğu zaman ayçiçeğinin köklerinin her birinde 50 kadar orobanş sapı olabilir. Bu bitkilerin boyu uzamaz ve kısa kalır. Aynı zamanda yaprak ve tablalarda küçük olur. Bitkinin tane verimi düştüğünden, yağ verimi de azalır. Kurak dönemlerde bu hastalık ayçiçeğini daha fazla etkiler. Hastalıkla mücadelenin tek yolu ekimde dayanıklı tohum kullanılmasıdır. Bunun dışında tarlaya üst üste ayçiçeği ekmekten kaçınılmalıdır. Baklagiller, mısır, buğday, çeltik, pancar, pamuk, arpa gibi bitkiler ekilerek ekim nöbeti yapılmalıdır. Hastalığın ilaçla mücadelesi oldukça sınırlıdır.

Ayçiçeğini etkileyen diğer hastalıklar arasında bitkideki kömürümse tarzda çürümedir. Kurak dönemlerde bitki sapları kömürümse çürümeye başlar. Rutubetin fazla olduğu yerlerde de tabla çürüklükleri olabilir. Bu nedenle dayanıklı türlerle ekim yapılmalıdır. Ekim nöbeti yapılması da faydalı olur. Ekim yapılacak tohumlar hastalıklı olmamalı ve tarlada mücadeleye devam edilmelidir.